全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。如何選型，才能獲得性能菌落計數儀，并取得高性價比呢。這得從該類儀器的原理來解釋。現今面市的所有全自動菌落計數儀均是采用成像分析法實現自動計數的，即由【成像硬件+分析軟件】所組成，這二塊內容的任何一塊上出現失分，都會嚴重影響計數分析結果的穩定性。
全自動菌落計數儀成像硬件：
成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。現今的成像硬件有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能展現培養基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。拍照成像的菌落表面顏色、皺折、凹陷較真實。其弱點是：成像環境中的光線強度，無論是暗視野，還是背光，因光照面到平皿中部、邊部的距離遠近不同，導致平皿面上各點的亮度不一致。若要選購拍照成像的，其分析軟件就一定要具有背景矯正功能，以便自動改善成像的效果。掃描成像與拍照燈箱的營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，掃描成像從成像硬件這個根本上解決了菌落目標的亮度不勻問題，然而其在菌落表面顏色的表現上遜于從平皿正面的拍照成像。以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）掃描6個90mm直徑平皿的速度，暗視野成像約12秒、背光成像約20秒，就其成像速度而言，與單反相機、卡片機拍照成像的速度相當。
全自動菌落計數儀操作：
全自動菌落計數儀就是為了減輕工作人員工作強度的，在現今的高技術下，若還需要估算才能測出菌落數的話，應是比較落后了。能“不變應變”穩定地傻瓜式操作的分析軟件，其對于菌落形態和樣品狀態的不確定性，能夠自動適應，以避免不斷地調節菌落分割參數，其多由對話交互來擦除那些個污染部分，即可。
